La villa si sviluppa nel corso del tempo in forma piuttosto lineare senza eccessive implicazioni storiche. I fatti relativi ad essa e al vasto giardino che la circonda prendono avvio nel XVI secolo. Se esaminato al momento attuale si può constatare che il corpo originario é oggi circondato da nuovi edifici. Il primo proprietario della villa - palazzo, detta anche "Villa del Papa", risale alla seconda metà del XVI secolo e risulta essere la famiglia Moroni. Da un documento conservato nell'Archivio di Stato di Roma si rileva che Bartolomeo Moroni cede la sua proprietà nel maggio del 1600 a Giacomo Boncompagni, figlio naturale di Gregorio XIII, ma va ricordato che già nel 1582 Papa Gregorio XIII è ospite della famiglia Moroni, unitamente al cardinale Carlo Borromeo. Inoltre occorre sottolineare che grazie al padre Gregorio XIII, nel 1573 il Boncompagni viene nominato generale della Chiesa, nel 1577 marchese di Pignola, nel 1579 marchese di Sora e infine nel 1583 duca d'Aquino e Arpino, assurgendo così ai massimi livelli dell'aristocrazia romana. Di conseguenza, secondo la tradizione, egli protegge artisti di chiara fama fra i quali lo stesso Pier Luigi da Palestrina. Con l'acquisto della villa, Giacomo Boncompagni, unitamente a sua moglie Costanza Sforza di Santa Fiora, vi risiede costantemente e in tale periodo è il momento che egli dà corso all'esecuzione delle maggiori opere decorative. Fino al 1896 la villa resta di proprietà sempre della stessa famiglia e non subisce alcuna sostanziale variazione. In tale data il duca Rodolfo cede la proprietà a Tommaso Saulini che successivamente la vende, compresa parte dell'area circostante, ai Salesiani che già agli inizi del XX secolo danno corso a grandi ampliamenti cambiando il carattere della villa - palazzo immersa nel verde.