Un tenimentum Rocce Perjurie lo troviamo indicato nel 1252 in un atto divisionario di beni tra i fratelli Colonna. Nel 1269 è già indicato con il nome di Rocca Priora nell'elenco dei beni del Convento di Palazzolo. In questo periodo doveva già essere sotto il controllo degli Annibaldi, anche se la prima notizia certa della loro Signoria su questo Castello si ha nella memoria di un Leone di Riccardo de Rocca Perjura proprio della famiglia degli Annibaldi ai quali,nel 1347 papa Clemente VI indirizzò come ad altri nobili romani, la celebre lettera per avere il loro appoggio contro Cola di Rienzo. Appare nell'elenco delle terre della Provincia Romana soggette al Comune di Roma per la tassa del sale, per un consumo di 10 rubbie di sale a semestre: il castello quindi, al pari di Frascati e Montecompatri, doveva essere abbastanza popolato.
Nel 1382 il Castello passò ai Savelli ai quali restò per tutto il secolo XVI. Nella guerra di repressione del 1436, condotta dal Vitelleschi alleato ad Eugenio IV contro i baroni romani avversi al Pontefice, le milizie papali se ne impossessarono e venne concesso in vicariato al condottiero Simonetta di Castel Piero. Nel 1447 Niccolò V lo restituì ai Savelli. Alessandro VI destinò il Castello a suo figlio Giovanni Borgia, ma alla morte del Papa (1503) i Savelli lo recuperarono. Secondo alcuni Rocca Priora fu completamente distrutta dalle milizie pontificie condotta da Renzo da Ceri, nel conflitto tra Papa Clemente VII ed i Colonna. Secondo altri invece fu distrutta dalle milizie imperiali che, saccheggiata Roma nel 1528, si recavano nel napoletano. Nel 1538 è presente nell'elenco della Comunità di Patrimonium Petri che versa tributi alla Camera Apostolica. Nel 1547 fu emesso lo "Statuto" di Rocca Priora, del quale si conservano ancora le rubriche. Sisto V l'assegna nuovamente ai Savelli, ai quali concede di elevare il Castello a Marchesato. La famiglia dei Savelli interviene nell'insediamento con numerose opere edilizie di ampliamento e ristrutturazione fino a quando, causa una grave crisi economica, i beni vengono rilevati dalla Camera Apostolica. Rocca Priora rimase in proprietà della Camera Apostolica fino ai primi anni del secolo XIX, quando nel 1806 fu venduta con il suo territorio, in parte a Luciano Bonaparte, in parte alla famiglia dei Rospigliosi, che ne mantennero il controllo fino nel 1870, anno in cui si costituì in Comune.