La prima chiesa di Rocca di Papa fu dedicata alla S.Vergine:"Santa Maria dicta Castri", Santa Maria del Castello. Alcuni ritengono che essa fosse collocata nell'ambito del castello stesso, altri invece che si trovasse sotto il bastione. Nel primo caso, dato il ristretto spazio consentito dalle dimensioni della fortezza, si sarebbe trattato di una piccola capella (come di norma in ogni castello del Medioevo) sufficiente, peraltro, ad ospitare i fedeli della comunità di allora. Comunque, questa eventuale cappella scomparve con la distruzione del castello nel 1557. Alcuni decenni dopo, la Chiesa del Crocifisso divenne la prima parrocchia del paese. La Chiesa dedicata al Rdentore era più ampia di quella attuale, dato che era costituita da tre piccole avate sorrette da sei pilastri (tre per parte) con due cappelle a sinistra (dedicate a San Carlo ed alla Madonna del Gonfalone) ed una a destra (dedicata al S. Rosario) con a fianco il fonte battesimale del 1490 e l'ingresso alla sagrestia. Nelle vie pastorali, come quella del 1630, la chiesa fu anche chiamata "S. Maria degli Angeli". Nell'abside, una trave di legno traversa sosteneva una Croce lignea pendente con incisa la frase: "Qui sèquitur me non ambulat in tenebris: ait Dominus" (Chi mi segue non cammina nelle tenebre: dice il Signore).La chiesetta era il cuore della Rocca di allora, collocata sopra Piazza Vecchia, dove un fontanile ancora esistente, dissetava uomini ed animali.

     Intorno si raggruppavano le case di circa 600 abitanti del sedicesimo secolo. Poco a poco, nel decorrere del tempo, la chiesa si immeserì, fu spogliata degli arredi, di un ciborio marmoreo del 1517, ora rimesso "in situ", dei quadri che furono portati nella nuova e più grande chiesa (allora in costruzione) poi dedicata all'Assunzione di Maria. Nel 1747, la Chiesetta del Crocifisso crollò durante una bufera, travolgendo una decina di case adiacenti. Fu ricostruita nel 1850 dall'Arciprete Girolamo Sciamplicotti con l'aiuto, in danaro e in lavoro dei parrocchiani fedeli all'antico luogo sacro. Con la morte dell'Arciprete i restauri furono sospesi e poi ripresi nel 1865 a cura e con l'aiuto finanziario dello sculture tedesco Guglielmo Teodoro Achtermann di Munster in Westfalia, il quale costruì pure la casa del rettore. Nel 1922, mentre si costruiva un muro di sostegno nei pressi dela chiesa, furono rinvenuti molti scheletri, senza cassa e senza vestimenti, di persone ivi sepolte nei secoli passati. Lo scultore lasciò nella chiesa delle opere in gesso: una Madonna col Bambino Gesù, un busto di "Ecce Homo", due bassorilievi raffiguranti rispettivamente la Crocifissione e la Deposizione. Purtroppo è scomparso il bel Crocifisso a grandezza naturale nel quale l'artista tedesco aveva saputo profondere il grande dolore e nel contmpo la dolce serenità del Cristo che moriva: vi è ora una copia in legno modellato su quella di Achtermann. Costui curò il rifacimento della facciata e collocò sulla porta iingresso un timpano. All'interno, sulla parete di destra, fu collocata una lapide a ricordo del maestro Brunetti, direttore della banda municipale. In questa chiesetta, il giorno di Ognissanti del 1613 fu proclamato Patrono di Rocca di Papa San Carlo Borromeo, con grande soddisfazione dei feudatari principi Colonna, uno dei quali, Don Fabrizio figlio di Marcantonio , aveva sposato Anna Borromeo, sorella del Santo. La comunità decise di dedicare una solenne festa annuale a San Carlo, ma ricorrendo questa in tempo di forte impegno nei lavori aricoli che non avrebbero consentito a molti di dedicarsi al culto del Patrono, dal 1854, la festa fu spostata alla terza domenica di luglio. Fino al 1940, la chiesa appartenne alla Chiesa nazionale Tedesca di via S. Maria dell'Anima in Roma e passò successivamente alla diocesi di Frascati.A cura di Mons. Giovanni Busco, frascatano, la Chiesa del Crocifisso è stata completamente restaurata con concorso di finanziamenti privati, di sottoscrizioni popolari e il contributo della confraternita del SS. Sacramento.